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脈動真空滅菌器的運行，與外圍條件息息相關，尤其是蒸汽質量和真空泵用水的水質等。滅菌器由于工作在高溫、高壓、濕度大的環境中，引起故障的因素較多，如供蒸汽管路系統、門控系統、真空泵系統等，改善蒸汽質量和真空泵用水的水質，實行預防性維護，定期檢修，及時發現并排除隱患，使滅菌器安全穩定運行，是確保滅菌質量的必要條件。
日常維護
每天必須檢查和清潔滅菌器的滅菌腔體、推車和隔板，以防止是污物積留太久則很難除掉，滅菌器內腔不干凈不利于干燥，并且影響滅菌效果。
具體操作如下：
1.用中性的洗滌劑或水，用軟的布輕擦門密封圈。
2.用鑷子去除排氣口濾網上的紡織品纖維和膠帶等異物。
3.用中性或弱堿性的洗滌劑擦洗內腔壁，去除膠帶等異物。
4.滅菌器外表面用中性洗滌劑擦洗或不銹鋼專用清洗劑清潔上光。
5.觀察壓力、溫度、時間等讀數是否正常，以及設備是否有異常。
需要注意的是：嚴防高溫燙傷，在清潔腔體排水過濾器及腔體時，腔體必須是在室溫狀態，要求是滅菌器關閉整夜，在運行開始滅菌工作之前進行清潔工作。
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